Le Contrat de Plan Etat-Région (CPER) ou nouvellement dénommé Contrat de projets, est la mise en oeuvre du Schéma directeur en matière d'infrastructures de transport. Un contrat porte sur 7 ans et fixe les actions que l'Etat et chaque région s'engagent à mener conjointement. Le Contrat de Plan définit aussi les modalités de financement des actions. Celui de 2000-2006 (aussi appelé « XIIème Plan ») pour la Région Ile-de-France prévoyait l'allocation d'un budget de 4 milliards d'euros aux transports collectifs sur les 9 milliards du montant total d'engagements. Il s'est achevé fin décembre 2006 et la plupart des projets non-achevés ont été réinscrits dans le nouveau Contrat de projets portant sur la période 2007-2013. En terme de réalisations, la RATP est concernée par :
- La construction de 50km de lignes de tramway,
- Le prolongement de plusieurs lignes de métro vers la banlieue ainsi que le prolongement d'une ligne à l'intérieur de Paris,
- La création de lignes de bus en site propre.
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